BRENDA (化学)

BRENDA（包括的酵素情報システム）

BRENDA（The Comprehensive Enzyme Information System）は、酵素に関する世界最大級の包括的な情報データベースです。IUBMB（国際生化学・分子生物学連合）によって分類された酵素を中心に、分子レベルおよび生化学レベルでの詳細な情報を提供しています。

7000種類を超える酵素について、触媒する化学反応の反応速度に関する詳細なデータを提供し、酵素反応速度論の研究に貢献しています。データは、主要な科学文献から手動で抽出されたものと、テキストマイニングなどの自動情報検索技術によって収集されたものが含まれています。

歴史

BRENDAは1987年にドイツのブラウンシュバイクにあるドイツバイオテクノロジー研究センター（現在のヘルムホルツ感染症研究センター）で設立されました。当初は、酵素に関する情報データを書籍として出版していました。BRENDAという名前は、設立当初の名称である「ブラウンシュバイク酵素データベース（Braunschweig Enzyme Database）」の頭字語に由来します。

1996年から2007年までケルン大学に一時的に移転し、この期間中にBRENDAは一般にアクセス可能な酵素情報システムとして発展しました。2007年にブラウンシュバイクに戻り、現在はブラウンシュバイク工科大学のバイオインフォマティクス・生化学部門で開発が進められています。

可用性

BRENDAの利用は、利用目的によって無料でない場合があります。非営利目的のユーザーはFRENDAとAMENDAを無料で利用できますが、営利目的のユーザーはBIOBASEを通じてデータベースのライセンスを取得する必要があります。

参考文献

“BRENDA, the enzyme information system in 2011”. Nucleic Acids Res 39 (Database issue): D670–76. (2011). doi:10.1093/nar/gkq1089. PMC 3013686. PMID 21062828. http://nar.oxfordjournals.org/content/early/2010/11/08/nar.gkq1089.
“BRENDA, AMENDA and FRENDA the enzyme information system: new content and tools in 2009”. Nucleic Acids Res 37 (Database issue): D588–92. (2009). doi:10.1093/nar/gkn820. PMC 2686525. PMID 18984617. http://nar.oxfordjournals.org/content/37/suppl_1/D588.full.
Springer Handbook of Enzymes (2nd ed.). Heidelberg: Springer. (2006)
“BRENDA, the enzyme database: updates and major new developments”. Nucleic Acids Res 32 (Database issue): D431–433. (2004). doi:10.1093/nar/gkh081. PMC 308815. PMID 14681450. http://nar.oxfordjournals.org/cgi/content/full/32/suppl_1/D431.
“Review of the BRENDA Database”. Metab Eng 5 (2): 71–73. (2003). doi:10.1016/S1096-7176(03)00008-9. PMID 12850129.
“BRENDA: a resource for enzyme data and metabolic information]”. Trends Biochem Sci 27 (1): 54–56. (2002). doi:10.1016/S0968-0004(01)02027-8. PMID 11796225.
“BRENDA, enzyme data and metabolic information”. Nucleic Acids Res 30 (1): 47–49. (2002). doi:10.1093/nar/30.1.47. PMC 99121. PMID 11752250. http://nar.oxfordjournals.org/cgi/content/full/30/1/47.
“Enzyme data and metabolic information: BRENDA, a resource for research in biology, biochemistry, and medicine”. Gene Funct Dis 3 (4): 109–118. (2000).

外部リンク

BRENDA公式ウェブサイト
酵素の命名法
* Biobase BRENDA-酵素データベース

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