puffsは、FUSE(Filesystem in Userspace)との互換性も考慮して設計されています。NetBSD 5.0のpuffsには、libfuseの高レベルインタフェースを再実装したrefuseが含まれています。これにより、多くのFUSEベースのファイルシステムがpuffs上で動作可能になりました。しかし、refuseでは対応できないケースも存在しました。一部のファイルシステムは、低レベルのインタフェースやカーネルFUSEインタフェースを利用しており、refuseではこれらのインタフェースをエミュレートすることができませんでした。そのため、これらのファイルシステムはrefuseではサポートされませんでした。