SSCP

SSCP（一本鎖高次構造多型）とは



SSCPとは、「Single Strand Conformation Polymorphism」の略称で、特定のDNA塩基配列にほんのわずかな違いがあると、熱変性によってDNAが高次構造を変化させる現象のことを指します。この構造の変化を通じて、遺伝子の変異や多型を検出する手法として利用されています。特に、PCR（ポリメラーゼ連鎖反応）と組み合わせて実施されることが多く、この手法は「PCR-SSCP法」として知られています。

原理



SSCPの基本的な原理は、試料DNAが二本鎖から一本鎖に変わり、それぞれの鎖が高次構造を形成する過程にあります。電気泳動法では、これにより異なる高次構造を持つDNAが異なる移動度を示します。完全に一致した塩基配列を持つ一本鎖DNAは同じ高次構造を持つため、移動度も同一ですが、わずかな塩基の違いがあると高次構造が変わり、移動度も変化します。このため、塩基配列が同じでもその一部に差異があれば、電気泳動で異なるパターンを観察できます。

手法の概略



SSCPによる変異や多型性の検出は、以下の手順で行われます：

1. 遺伝子領域の切り出し：分析対象の遺伝子領域をPCRで増幅し、試料DNAを得ます。
2. 熱変性：ホルムアミドを加えた環境で試料DNAを加熱し、急冷します。この過程で二本鎖DNAは乖離し、それぞれの一本鎖が高次構造を形成します。
3. 電気泳動：熱変性した試料DNAをポリアクリルアミドゲルで電気泳動し、異なる構造を持つDNAがどのように移動するか観察します。
4. 検出：銀染色などの方法で、電気泳動の結果を検出します。

多型性検出の能力



一般に、SSCPは100から300塩基の長さの遺伝子領域を用いて多型を検出しますが、500塩基以上の長さのDNAからも1塩基の違いを見つけることが可能です。これは、遺伝子の変異や多型を調べる上で非常に有用です。

再現性について



同じ塩基配列を持つDNAであっても、高次構造は温度や緩衝液の種類などによって影響を受けるため、SSCPの実施には温度管理可能な電気泳動装置が重要です。これにより、安定した検出結果を得ることが可能になります。

その他の方法



SSCPの他にも、以下のような異なる方法が存在します：

また、次世代シーケンサー（NGS）を用いた配列解析も、変異を検出するための重要な手法として利用されています。これにより、より高精度な解析が可能となっています。

関連項目



このように、SSCPは非常に幅広い応用範囲を持つ方法であり、遺伝子の研究や診断において欠かせない技術となっています。

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