ペラジバクター・ユビーク

ペラジバクター・ユビーク (Candidatus Pelagibacter ubique)

ペラジバクター・ユビーク（Candidatus Pelagibacter ubique）は2002年に発見された、海洋に広く存在する細菌の一種です。この細菌はペラジバクター目に属し、シュードモナス門のSAR11系統の中で特に豊富に見られるタイプ種とされています。特に、海洋において最も数が多い生物とも考えられ、その存在は地球の炭素循環において重要な役割を果たしています。

特徴

ペラジバクター・ユビークは、地球の海水や淡水域の両方に生息しており、全微生物プランクトンの25%を占めるとされています。初めてその存在が確認されたのは、オレゴン州立大学の研究者Stephen Giovannoniによるもので、詳細なDNA解析によりサルガッソー海のサンプルからその存在が予測されました。これに続く研究により、世界各地の海水からも確認されてきました。

この細菌は、非常に小さな細胞サイズを持ち、長さ約0.4〜1.3μm、直径0.19〜0.28μmというサイズです。暗い条件下で飢餓状態に置かれると、そのサイズはさらに小さい0.014μm3にまで縮小します。これは現在知られている中で最小の自己複製できる細胞の一つとされています。

ゲノムと培養

ペラジバクター・ユビークのゲノムは非常に小さく、最小の自由生活生物の中で知られるゲノム長を持つ（1,308,759 bp）ため、細胞複製に必要なエネルギーを削減するように進化してきたと考えられています。特に、細菌は窒素、リン酸塩、鉄に対して感受性があり、これらの栄養素を必要としていますが、環境の窒素供給が限られている中で、ゲノム内の塩基配列はAT (アデニンとチミン)が多く、エネルギーを節約しています。

培養技術の進歩により、ヌクレオチド、アミノ酸、グリシン、ビタミンを添加した人工培地での培養も可能になっています。代表的な株はHTCC1062株で、オレゴン州ニューポートの沖合で採取されました。細胞は非常に遅い倍加速度を持っていますが（約29時間）、低栄養条件下でも生育できるのが特徴です。

また、P. ubiqueにはプロテオロドプシン遺伝子が含まれており、光変換プロセスに関与しています。この遺伝子は、環境によって発現の差異を示し、特定の条件下で増えることが確認されています。

命名と分類

属名の「Pelagibacter」は、ラテン語で「海」を意味する「pelagus」と「細菌」を意味する「bacter」を組み合わせたもので、実際には「海の細菌」を表しています。また、種名の「ubique」は、「どこでも」を意味するラテン語の副詞であり、この場合はICNPの規則に従って「Candidatus Pelagibacter communis」への修正も提案されています。

このように、ペラジバクター・ユビークはその特異性から多くの研究が行われており、今後の研究がさらに期待される微生物です。

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