比較動物学博物館(Museum of Comparative Zoology, MCZ)は、正式名称をルイ・アガシー比較動物学博物館といい、マサチューセッツ州ケンブリッジのハーバード大学内に位置する自然史博物館です。ハーバード大学自然史博物館を構成する3つの博物館の一つであり、生物学研究における重要な役割を担っています。
博物館は、研究成果を広く共有するために、二種類の機関誌を発行しています。『Bulletin of the Museum of Comparative Zoology at Harvard College』(ハーバード大学比較動物学博物館紀要)は1869年に創刊され、『Breviora』は1956年に創刊されました。