KEGG

KEGG（京都遺伝子ゲノム百科事典）

KEGGは、遺伝子やタンパク質、代謝、シグナル伝達など、細胞内のさまざまな分子間ネットワークについての情報を統合したデータベースです。このリソースは、バイオインフォマティクス研究において極めて重要な役割を果たしており、生命システムの機能に関する知識を提供します。

KEGGの目的

KEGGの主な目的は、生命の設計図を構築し、生命体の機能をより深く理解することです。そのために、遺伝子やタンパク質のカタログ情報、タンパク質間の配列相同性情報、生体関連化学物質に関する情報など、さまざまなデータベースを統合しています。この情報は、分子間の相互作用に基づき、二項関係として整理されています。これにより、研究者たちは代謝経路やシグナル伝達経路を把握し、さまざまな生物学的プロセスを探求することができます。

統合されたデータベース

KEGGは、主に以下のデータベースを含むことで、単なるカタログを超えた知識ベースを提供しています：

• - GENES: 遺伝子情報のカタログ
• - SSDB: 既知のタンパク質間の配列相同性情報
• - KO: 機能的類似性情報
• - LIGAND: 生体関連化学物質に関する情報

これらを通じて、さまざまな生物種、特にヒトや動物、微[[生物]]を中心としたモデル[[生物]]の情報にアクセスし、異なる種同士の比較や、特定のネットワークにおける可能な経路の計算が可能になります。

KEGG PATHWAY

KEGGの中でも特に重要なのが、KEGG PATHWAYデータベースです。これは分子間相互作用の配線図であるパスウェイマップに関するもので、遺伝子や化合物、化学反応、疾患情報などが関連付けられています。パスウェイマップは、以下のカテゴリーに分類されます：
1. 代謝
2. 遺伝情報処理
3. 環境情報処理
4. 細胞プロセス
5. 生体システム
6. ヒト疾患
7. 医薬品開発

これにより、研究者は特定の経路や関連する生物機能についての詳細な情報を得ることが可能となります。

公開形式と購読モデル

KEGGは1995年に京都大学化学研究所の金久實教授によって発足し、現在でも整備が続けられ、ウェブ上で広く利用可能です。2011年からは、FTPアクセスによるフラットファイルのダウンロードに対して購読モデルを導入しました。これにより、研究者たちは必要なデータを効率的に取得できるようになりました。

まとめ

KEGGは、分子生物学やバイオインフォマティクスの分野で非常に重要なリソースであり、遺伝子や代謝に関する包括的な情報を通じて、生命の複雑なネットワークを理解する手助けをしています。研究の進展に伴い、KEGGの役割はますます重要性を増しており、今後の生命科学の発展に寄与することが期待されています。

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