MODELLER

MODELLERは、タンパク質の三次元構造、および稀に四次構造のホモロジーモデルを構築するための強力なコンピュータプログラムです。このソフトウェアは、核磁気共鳴（NMR）から着想を得た「空間的制約の充足」という技術を実装しており、タンパク質内の各原子の位置を、幾何学的基準に基づいた確率密度関数を用いて推定します。この手法では、モデリング対象となるアミノ酸配列と、構造が既に解明されているテンプレートタンパク質との間の配列アラインメントが基盤となります。

特に、タンパク質のループ領域は相同タンパク質間でも構造が大きく異なることが多いため、ホモロジーモデリングによる予測が難しい領域です。MODELLERは、このループ領域のde novoタンパク質立体構造予測に対しても限定的ながら機能を提供し、より正確なタンパク質構造モデルの構築を可能にしています。

MODELLERは、元々カリフォルニア大学サンフランシスコ校のアンドレイ・シャリ氏によって開発され、現在もメンテナンスが続けられています。学術研究目的での利用は無償で提供されていますが、グラフィカルユーザーインターフェースを備えた商用版がAccelrys社から配布されています。また、インドのハイデラバード大学のクンタル・クマール・ブーサン氏によって開発されたEasyModellerという無料のGUIも利用可能です。さらに、UCSF ChimeraにもMODELLERの簡単なインターフェースが組み込まれており、JAVAベースのGUIであるSWIFT MODELLERも無料で配布されています。

MODELLERは、タンパク質構造予測の分野において、ホモロジーモデリングの基礎ツールとして広く利用されており、研究者にとって不可欠な存在となっています。その柔軟性と高度な機能は、様々なタンパク質の構造解明に貢献し、生命科学研究の進展を支えています。

関連事項

タンパク質構造予測
Discrete optimized protein energy

外部リンク

MODELLER
EasyModeller: A GUI to MODELLER
UCSF Chimera interface to MODELLER
SWIFT MODELLER - a GUI to MODELLER

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