経済的な交流も活発になりつつあります。2020年のナイジェリアの対日輸出額は約733.25億円で、主な輸出品は原油、石油製品、ココア、カシューナッツなどです。一方、対日輸入額は約305.21億円で、主な輸入品は機械、車両、化学製品です。対ヨーロッパ諸国との貿易額に比べるとまだ小さいですが、アジア諸国の中ではインド、中国、韓国に次いで大きな貿易相手国です。2018年には、日本貿易振興機構がナイジェリアとの貿易関係を強化するために、30を超える日本のブランドを紹介しました。2019年には、横浜市で第7回アフリカ開発会議(TICAD)が開催され、その際に両国間のビジネスを円滑にするための協議会「Japan Nigeria Business Facilitation Council (JNBFC)」が設置されました。