彼の最も有名な作品は、おそらくドイツ歌曲《インスブルックよさらば Innsbruck, ich muß dich lassen 》でしょう。ただし、この曲の旋律自体はイザークのオリジナルではなく、民謡の編曲である可能性も指摘されています。この旋律は後に、ルター派のコラール《おお世よ、われ汝より離れざるを得ず O Welt, ich muß dich lassen 》に転用され、ヨハン・ゼバスティアン・バッハやヨハネス・ブラームスのオルガン曲の基礎にもなりました。
イザークは、《コラリス・コンスタンティヌス(コンスタンツ大聖堂の合唱曲)Choralis Constantinus 》を未完成のまま残しました。これは、ミサ固有文の通年分を完全に作曲(多声化)しようとした最初の試みとして知られており、約100曲が含まれています。イザークの弟子であるルートヴィヒ・ゼンフルがこの曲集を完成させましたが、彼の死後、1555年になるまで出版されませんでした。イザークはまた、ミサ通常文による作品も40曲以上残しています。